Trước đây, Cán Chu Phìn là một xã thuộc huyện Đồng Văn.

Ngày 5 tháng 7 năm 1961, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 91-CP[4] về việc thành lập xã Tự Do thuộc huyện Đồng Văn trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Mèo Vạc.

Ngày 13 tháng 12 năm 1962, Bộ Nội vụ ban hành Quyết định số 328-NV[1] về việc đổi tên xã Tự Do thuộc huyện Đồng Văn thành xã Cán Chu Phìn.

Ngày 15 tháng 12 năm 1962, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 211-CP[5] về việc thành lập huyện Mèo Vạc trên cơ sở tách xã Cán Chu Phìn thuộc huyện Đồng Văn.